王府医院设有心血管内科、脑病科（神经内科）、 脾胃科（消化科）、呼吸内科、肾病科、内分泌科、骨伤科、创伤骨科、普外科、神经外科、心胸血管外科、泌尿外科、肛肠科、妇科、产科、儿科、名医堂、急诊科、口腔科、眼科、耳鼻喉科、皮肤科、针灸推拿科、感染疾病科、体检中心、重症监护中心（ICU）、心血管病重症监护中心（CCU）、康复医学科、麻醉科、营养科等 30 余个临床科室，检验科、超声科、影像中心、功能科等 10 多个医技科室。其中妇科、脑病科、内分泌科为北京市中医管理局十二五中医重点专科。